通常显微镜光源照明可用天然光源，也可用人工光源。
天然光源：
天然光源一般其光线来自天空，由白云反射来的光线*。注意不可利用直接照射来的太阳光进行照明。   
人工光源： 
对人工光源的基本要求是有足够的发光强度，同时光源发热不宜过多。 
常用的人工光源有卤素灯、显微镜冷光源及环型LED灯等。 

现在很多显微镜都装设卤素灯泡，跟传统的钨丝灯泡相比，当操纵在相同的电压下，卤素灯泡有很大的亮度、很高的色温。一些卤素灯泡固然很小，但是在12伏特之下可输出100瓦的功率。以卤素灯泡来说，在硅玻璃外罩下的灯丝非常靠近，这样可以产生很高的灯丝温度，所以一般的玻璃无法承受这样的温度。卤素灯泡的高灯丝温度可以产生很高的照明。卤素灯泡另一种的特征就是硅玻璃不会随着使用的时间而变黑。这一类型的灯泡即使长时间使用，光的输出很明显的不会改变，然而色温却会随着灯泡使用的时间会有一些减少。卤素灯泡一样发射出连续频谱，当操纵在相关的电压下，色温的范围大约是在3200-3250K。由此可裀卤素灯泡一直都在高温下操纵，所以在光路径必须装有一片滤热镜，而且卤素灯泡要安装在透风良好的灯屋里。
滤色片：
滤色片通常安装在光源和聚光镜之间。其作用是能让所选择的某一波段的光线通过，同时吸收掉其他的光线，即可有效改变光线的光谱成分并削弱光的强度。
一般分为两大类：滤光片和液体滤光器。
滤色片又被称为滤色片，有蓝、黄、白等色。