解决方案│高性能酶原料助力甲基化单链建库
时间：2023-08-16 阅读：152
DNA甲基化是潜力的早筛及MRD的标志物，基于NGS的甲基化检测中，重亚硫酸氢盐转化是DNA甲基化检测的“金标准”，转化率可达99.5%以上，但重亚硫酸盐处理会导致严重的DNA损伤、片段化及解链。此外，一些低质量或严重降解的DNA（cfDNA、ctDNA、FFPE DNA、古生菌DNA等）中也含有大量的DNA单链，采用常规双链建库，文库转化效率较低，测序数据质量差。而单链建库可以大幅提高DNA原始分子的利用率，提高文库的复杂性，在低起始量样本的甲基化文库和基因组文库构建中具有显著的优势。
图1. 甲基化单链建库流程图
甲基化转化：重亚硫酸盐（Bisulfite）处理DNA，使未甲基化的C转化为U；
变性：双链DNA变性为单链DNA；
3’接头连接：TdT末端转移酶催化单链DNA的3’羟基端加上同聚物尾巴（poly C），E.coli DNA Ligase 连接3’接头；
二链合成：DNA Ploymerase I或Klenow Fragment进行单链DNA互补链合成；
5’接头连接：T4 DNA Ligase 连接5’接头；
文库扩增：耐U高保真DNA聚合酶扩增，获取含有完整接头序列的上机文库。
翌圣通过ZymeEditor酶改造平台对用于单链建库的全套酶原料进行性能提升及工艺优化，用于单链建库可显著提高文库转化率，助力甲基化检测。
图2. 不同投入量gDNA建库产量
图3.不同投入量gDNA map率
图4.不同投入量gDNA Dup率
对cfDNA及FFPE DNA样本进行亚硫酸盐转化，使用翌圣全套建库酶原料进行单链建库，结果显示使用翌圣酶原料进行单链建库，文库产量显著优于进口品牌（图5 A），map率（图5 B）及Dup率（图5 C）与进口品牌相当。
图5. 不同样本单链建库产量、Map率及Dup率
单链建库解决方案
| 产品定位 | 产品名称 | 产品货号 |
| 亚硫酸氢盐转化 | Hieff® Mag DNA Methylation Bisulfite Kit | 12223ES |
| 3’端添加poly C | Terminal Deoxynucleotidyl Transferase末端转移酶 | 10302ES |
| 3’接头连接 | E. coli DNA ligase (60 U/μL) | 14955ES |
| Taq DNA Ligase | 11051ES | |
| DNA二链合成 | DNA polymerase I | 12903ES |
| Klenow Fragment | 14458ES | |
| Klenow Fragment (3'→5' exo-) | 14460ES | |
| 5’接头连接 | Hieff® Quick T4 DNA Ligase | 10301ES |
| PCR文库扩增 | Hieff Canace® Uracil+ High-Fidelity DNA polymerase (1 U/μL) | 10145ES |
| 完整甲基化建库试剂盒 | Hieff NGS® Methyl-seq DNA Library Prep Kit for Illumina® V2 | 12221ES |