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2024第三季度国内 Octet®文献大盘点—聚焦小分子！

时间：2024-10-25      阅读：130

2024年第三季度，国内发表的包含赛多利斯Octet® 分子互作分析系统数据的论文继续呈现井喷状态。不辞辛苦的陈老师又一口气统计了超过100篇左右的国内论文，涉及近90个单位， 论文列表在文末。老规矩，我们先按照单位和应用进行统计。

 

用户单位

发文数量

用户单位

发文数量

武汉大学

4

东北农业大学

1

华南理工大学

3

复旦大学

1

华中农业大学

3

高能物理研究所

1

上海交通大学

3

广州医科大学

1

生物物理所

3

广州医科大学第一附属医院

1

北京协和医学院

2

国家纳米科学中心

1

东北师范大学

2

哈尔滨兽医研究所

1

海军军医大学

2

杭州医学院

1

山东第二医科大学

2

河海大学

1

上海生化所

2

河南大学

1

西湖大学

2

湖北大学

1

中国海洋大学

2

湖北工业大学

1

中国药科大学

2

湖南农业大学

1

安徽中医药大学

1

华东理工

1

澳门大学

1

华西医院

1

澳门理工大学

1

吉林大学

1

北京大学

1

金斯瑞

1

北京化工大学

1

龙华医院

1

滨州医学院

1

民用核生化防护国家重点实验室

1

川北医学院

1

南方医科大学

1

东北林业大学

1

南京大学

1

南京农业大学

1

无锡药明

1

南京中医药大学

1

武汉病毒所

1

内蒙古农业大学

1

西北农林大学

1

青岛大学附属医院

1

西南大学

1

青岛科技大学

1

新疆医科大学

1

青岛农业大学

1

延安大学

1

清华大学

1

药华制药

1

厦门大学

1

长春兽医研究所

1

山东大学

1

长庚大学

1

山西农业大学

1

浙江大学

1

山西医科大学

1

郑州大学

1

汕头大学

1

郑州儿童医院

1

上海科技大学

1

中大大学

1

上海有机所

1

中大七院

1

沈阳化工大学

1

中国CDC

1

沈阳药科大学

1

中国科学技术大学

1

四川大学

1

中国医科大学

1

台州大学

1

中科院动物所

1

天津大学

1

中南民族大学

1

天津中医药大学

1

中山大学

1

同济大学

1

重庆医科大学

1

表1. 论文单位分布（请下滑查看完整列表）

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表2. 应用统计

在短短一个季度内，武汉大学、北京协和医学院、上海交通大学和中科院生物物理所等单位发表的文章数均超过3篇。可见，Octet® 因其操作简便，成本低，数据准确，仪器稳定性高等优点，能够帮助科学家快速产出科研成果。

从应用方向看，涉及到多个领域，其中小分子的应用文章最多，超过蛋白和抗体应用的文章数量。BLI技术因其对溶剂（如DMSO）不敏感，假阳性低，高灵敏度等优点，可以帮助研究人更快，更高质量的获得了小分子检测的结果。

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下面陈老师就挑几篇一区的小分子文章解读一下

郑州大学

苗头化合物改造[1]

DCN1是neddylation过程中的关键E3连接酶，在许多疾病中过度激活，如癌症、心力衰竭以及纤维化疾病，并被视为药物开发的新靶点。本文从苗头化合物HD1设计并合成了一类新的基于2,4,3-三唑-1-硫酮的DCN1抑制剂，并通过大量构效关系研究（SAR） 进行了优化。最终，HD2（IC50= 2.96 nM） 被鉴定一种高效且选择性的DCN1抑制剂，具有良好的PK特性和低毒性。HD2在体外有效缓解了Ang II/TGFβ诱导的心脏成纤维细胞活化，被认为是一种治疗心脏纤维化和重塑的很有前景的靶向DCN1的先导化合物。

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图1. 上图为小分子HD2的分子结构以及与靶点DCN1的复合物结构，下图为Octet® 检测的HD2和靶点的结合解离图（A）和静态拟合图（B）。


沈阳药科大学

食品天然产物[2]

ERAP1是 “MHC-I-opathy”这一严重自身免疫性疾病亚类的新兴靶点。本文确定了一种新型的食品来源的天然产物抑制——剂鼠尾草酸，它对ERAP1具有高选择性和高活性。Octet® 结果表明，鼠尾草酸能够强效结合ERAP1。通过HLA-B27 介导的细胞建模验证，鼠尾草酸具有抑制ERAP1带来的强直性脊柱炎相关细胞系的活性。本研究结果为针对 ERAP1 的强效抑制剂的设计提供了见解。

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图2. 左边是抑制剂的筛选过程，当中是包括Octet® 在内的结合能力验证过程，右边是功能活性表征。


浙江大学

除草剂[3]

鉴于恶性杂草Leptochloa chinensis在稻田中普遍存在，针对这种杂草的新型除草剂的开发引起了广泛关注。本文报道了一种新型二苯醚-嘧啶化合物 DEP-5，作为稻田广谱杂草防治的除草剂。即使在温室条件下，DEP-5 对抗性生物型也表现出超过 80% 的除草活性，并发现乙酰羟酸合酶（AHAS）的非竞争性抑制剂，抑制常数 （Ki） 为 39.4 μM。这些发现表明， DEP-5 具有开发成为用于控制 L. chinensis 的除草剂的巨大潜力，并为新型 AHAS 抑制除草剂的设计激发了新的思路。

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图3. 本文的研究技术路线，右上为Octet® 检测的DEP-5与靶点AHAS的结合，KD值为uM级别。


中国药科大学

先导化合物[4]

β-1,3-葡萄糖醛酸转移酶（B3GAT3）在肝癌（HCC）中呈现过表达，与预后呈负相关，是癌症治疗的有前景的靶点。在本研究中，通过虚拟筛选和结构优化，设计并合成了一系列 B3GAT3 小分子抑制剂。先导化合物TMLB-C16可以有效抑制肝癌细胞系MHCC-97H和HCCLM3的增殖和迁移，诱导细胞周期停滞和凋亡，并表现出显著的B3GAT3酶活抑制活性。化合物TMLB-C16表现出良好的药代动力学特性和较高的生物利用度，是一种有效的B3GAT3小分子抑制剂，为未来B3GAT3靶向药物的开发奠定了基础。

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图4. 抑制剂与B3GAT3的结合。左图为SPR结果，右图为Octet® 结果。两者的测的KD值均为uM级别。

 

Octet® 分子互作分析系统的优势在于

 

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非标记Direct Binding是趋势，结果更准确

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快速测定亲和力，更加定量化地表征分子互作

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无洗涤步骤，可测弱亲和力（解离快）

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写入了美国药典，文章多，认可度广

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万金油技术，可以用与检测DNA，小分子，蛋白质等各种生物分子

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多种实验方案，除了直接测试，还有竞争法，垂钓等

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操作简便，耗材及维护成本低



Octet® 让分子互作不再复杂！祝愿大家可以用赛多利斯神器发好文章！
 

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《生物层干涉技术应用文集（第三版）》

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-参考文献-

 

[1] Discovery of 1,2,4-Triazole-3-thione Derivatives as Potent and Selective DCN1 Inhibitors for Pathological Cardiac Fibrosis and Remodeling | Journal of Medicinal Chemistry (acs.org)

[2] Carnosic Acid: A Novel Selective Inhibitor of ERAP1 by Direct Binding and Its Modulation of Antigen Processing and Presentation | Journal of Agricultural and Food Chemistry (acs.org)

[3] A Novel AHAS-Inhibiting Herbicide Candidate for Controlling Leptochloa chinensis: A Devastating Weedy Grass in Rice Fields | Journal of Agricultural and Food Chemistry (acs.org)

[4]Discovery of Novel 2-Oxoacetamide Derivatives as B3GAT3 Inhibitors for the Treatment of Hepatocellular Carcinoma | Journal of Medicinal Chemistry (acs.org)

 

 

 

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