继电保护装置的工作环境恶劣，电磁干扰严重。国内外对静态精电气的干扰来源己所作的大量研究表明，模拟量输入回路串入的共摸信号；开关量输入输出回路与外界相连而涌入的浪涌；装置的电源线也会携带干扰信号等。微机保护中干扰也来自这几个方面，也是被干扰的后果却有所不同。静态保护装置也在干扰的作用下往往是使开关电路误触发翻转，若没有完善的闭锁措施就会导致保护误动。而对微机保护来说后果往往表现为由于数据或地址的传送出错而导致计算出错或程序出格。
 
例如，当CPU正确通过地址总线送出一个地址从EPROM提取指令操作码，如果这个误码是一条转移指令，或者其指令长度不同于原指令，则CPu的行为将*背离原程序的轨道，这种现象叫程序出格。出格后CPU可能执行一系列非预期的指令，其zui终结果往往是碰到一条不认识的指令而停止工作。由此可见，程序出格后引起误动作的概率是很小的，但此时CPU将停止执行保护的任务，如不能及时发现和自动纠正，则发生故障时保护就会拒动。干扰的另一种可能的后果是导致保护误动，例如，从电流互感器或电压互感器二次引入的浪涌造成错误的数据而使保护误动，严重的干扰还可能造成元件损坏。
 
一般干扰信号的频率高，幅度大，前沿徒，因而可以顺利通过各种分布电容的耦合。但这些干扰的持续时间端，所以模拟保护可以再电路上略加延时以躲过干扰，而不能简单的设置延时电路，但它可以采取一些常规保护所无法实现的抗干扰措施。因此微机保护在抗干扰方面有其独到之处。实践证明微机保护是高度可靠的。
 
为了防止由于干扰使保护的可靠性下降，微机保护通常在硬件及软件方面采取了如下防范措施。