毛细管柱分配色谱仪类型有多种。
1、按分离目的可分：化验室毛细管柱分配色谱仪和工业毛细管柱分配色谱仪。
2、按功能可分：分析型毛细管柱分配色谱仪和制备型毛细管柱分配色谱仪。
3、按分离特征可分：高选择性毛细管柱分配色谱仪、高灵敏度毛细管柱分配色谱仪和高分辨率毛细管柱分配色谱仪。
4、按流动相物理状态可分：气相毛细管柱分配色谱仪和液相毛细管柱分配色谱仪。
5、按分离规模可分：微型毛细管柱分配色谱仪、小型毛细管柱分配色谱仪和大型毛细管柱分配色谱仪。
6、按检测器的属性可分：质量型检测器毛细管柱分配色谱仪和浓度型检测器毛细管柱分配色谱仪。
7、按用途可分：生物色谱仪、制药色谱仪、化工色谱仪、食品色谱仪、蛋白质色谱仪、多肽色谱仪、氨基酸色谱仪、糖类色谱仪、酶色谱仪和核酸色谱仪等。