在离子色谱仪技术的实际应用过程中存在各种各样的问题，影响离子监测的效率以及离子监测的准确性。

例如，在水样过滤处理的过程中，需要将监测的水样经过相应的滤膜进行抽滤，否则容易造成水样中的颗粒物堵塞管路的问题，引起离子色谱设备的故障。同时，还需要加强水样的稀释处理，由于待测样品离子对树脂的亲和力存在较大的差异，通常采用多次进样的方法，通过不同浓度淋洗液的配置进行水样组分的分离以及处理。在这个过程中，如果水量控制不合理，导致水样浓度过高，会造成色谱峰拖尾且宽度较大的问题。
在离子色谱仪技术的实际应用过程中，往往会出现输液系统混入气泡、系统压力过高以及计算机脱离连接等各种设备故障以及监测问题，输液系统混入气泡将会使得离子色谱仪基线不稳定，系统压力过高，进而造成色谱柱单向阀以及保护柱堵塞及计算机脱离连接，影响离子色谱技术的实际应用效果。
因此，在应用离子色谱技术进行水样监测与分离的过程中，要对这些问题进行系统分析与研究，尽可能地在监测过程中规避上述问题，保证监测的连续性和准确性。
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