液相色谱仪最常见的故障一是堵，二是漏。下面就这两点分别展开讨论。（注：流动相以甲醇为例，色谱柱以C18为例）“堵”的表现现象就是柱压异常升高，直接原因就是流路不畅。

堵塞的主要位置就是在色谱柱的前端，最主要原因就是流动相里有杂质，杂质的主要来源就是细菌。  

首先我们要认识到，一般的国产甲醇其实不需要额外过滤处理，直接使用没有问题。即使是有些固态微粒杂质，也能在液相流路系统最前端的过滤头上排除，真正容易引起问题的，是水中的细菌。新制备的纯水在室内放置几天就会长菌，而这些细菌虽然肉眼不可见，却足以堵塞柱填料颗粒的空隙，造成柱子很快报废。

解决它的方法很简单，就是确保水的可靠性。这里有两种方式推荐：
（1）当然是购买实验室专用纯水机，既方便又可靠，质量也放心。缺点就是价格不菲。

（2） 成箱购买市售品牌纯净水，如500ml 一支的怡宝或娃哈哈，这些水的质量足以应付液相色谱的要求。

这里特别指出一个细节：在绝大多数书本上，凡谈到配制流动相都会谈到最后有一个过滤的步骤。

从使用的实际情况来看有几点需要注意:
（1）流动相过滤实际操作时由于不可能做到专瓶专用，容易造成的交叉污染，对于配比复杂的流动相影响更大。所以用完后一定要冲洗干净。用前不放心的话也可以冲洗下。

指的是：流动相刚开始没有长菌，在使用时却产生了细菌污染。这主要是在使用多元液相色谱仪时的一种不良使用习惯造成的。
举例子：50％的甲醇水流动相，有两种使用方式。一种方式是在上机前就配好混合在一起，另一种方式是在流路A放纯甲醇，流路B放纯水。
从单纯实验效果来说，后一种有明显的优点：首先是简单，不需要实验者另个计算配比混合，其次就是比例准确，能得到保留时间重复性的实验效果。
但是，它有一个致命的缺陷，就是纯水在流动相瓶中几天时间就会长细菌（很多情况下不仅仅用纯水作流动相，而是用缓冲盐溶液，本身就是优质肥料，细菌长得更迅速），一旦有细菌柱子就坏得很快。所以这种方式要求操作人员每次实验都要用新制备的纯水，更要求在每次实验后把水相换掉，换成甲醇冲洗干净，这一点在实际工作中很多人意识不强，就是意识到了但多次使用中总有一两次会遗漏，但是往往这一两次就足以产生致命的影响。因为液相色谱柱的堵塞是不可逆的。
"堵”的原因之三：不适当操作。
常见问题的有以下几种：
（1）在更换零件时选择的型号有误，或者管线材质不达标,接口不是很匹配，在拧紧的时候产生变形而使得管路堵塞。
（2）样品处理液净化得不干净，长期会在六通阀和柱之间形成阻塞不畅。
（3）在使用手动六通阀时，有些人可能由于手劲小的原因，转动的不到位，于是造成流路形成了死堵，压力快速升高超过警戒值.自动进样的情况类似，若六通阀卡死，也会形成死堵,导致超压          （2）使用仪器不当
如果是输送泵漏液，最常见的原因就是在活塞位置缓冲盐析出造成。