一、排气不净。

在升压前应将锅内冷空气排净，因空气是热不良导体，若不排净，冷空气就会聚集井滞留在灭菌锅中消毒筒的中下部，围绕在待灭菌物的周围。在这种情况下，假若锅内仅排出一半空气，当压力表指针达到105Pa时，锅内实际温度仅能达到 112℃，比要求的 121℃低9℃之多，将导致灭菌不好，可能造成大面积染菌。（自动的高压灭菌锅 上下排气阀 都要打开 然后加热 排空气）

二、排气软管没有按要求插入灭菌筒的下部，或排气软管断裂、缺失。

灭菌锅内的冷空气是通过排气软管排出的，上述情况将造成灭菌筒外的蒸汽直接经排气阀排出锅外，灭菌锅内的空气排放受阻。

三、消毒筒内物品堆积太紧、太满。

阻碍蒸汽的流通和热交换，使容器内升温减慢，造成物体内部杀菌不好。

四、升温过快。

灭菌的时间是以达到要求温度后的持续时间计算的，但温度的升降过程同样起到杀菌的作用，升降温度过快会通过影响总的积温而影响灭菌效果。另外，升温过快，特别是使用外源蒸汽的情况下，会造成被灭菌物体内部升温滞后于压力表指示温度。

五、灭菌的物体体积（容量）过大。

组织培养中或常规微生物实验中，高温蒸汽灭菌通常要在 121℃（即蒸汽压力为1kg／cm2或 15磅／寸2，或0.105MPa）下保温15min。这一规定仅适用于试管、三角瓶中小于200ml容量的。若体积太大，特别是固体培养基，会造成灭菌，应适当延长灭菌时间。

六、任意延长灭菌时间。

规定的灭菌温度和时间是经过科学试验确定的，只要按照正确的灭菌程序是能达到灭菌目的的。但在实践中常有人为了“保证灭菌”而任意延长灭菌时间。这样忽视了杀菌过程中温度对培养基成分的破坏作用，是得不偿失的。

七、温度不稳定。

灭菌过程中温度（压力）忽高忽低，特别是手提式电能灭菌锅，它没有控温装置，难于控温。操作者可配置调压变压器，通过调节电压控温。此外，还常遇到灭菌锅内加水太少（应加 2～3L）；容器内装的溶液量过多（应少于2／3）；安全阀失灵等问题。