全自动均质器的工作原理利用电子调速控制操纵微型高速电机带动内外梅花型粉碎刀上下旋转对各类物质进行均浆、乳化、破碎。当一个样品管处理完后，平移刀头至清洗位，依据不同样本选择不同的清洗方式（水、有机溶液、超声波清洗喷淋）及时间，沥干，刀头复位，然后旋转样品盘对下个样品进行处理，反复此过程，至最后一个样品结束。