蠕动泵和注射泵区别在于两者的进样方式不同，注射泵是通过活塞运动象打针一样吸取或者排出液体，一般比蠕动泵准确些，操作较简便。蠕动泵是利用胶皮管的弹性吸取或者排除液体，存在软管老化引起精度下降的问题。
注射泵的优点：
注射进样精度比蠕动泵进样高一个数量级，可实现自动配制标准曲线的功能，提高工作效率。
缺点：
１注射单元磨损较快，如果样品量大的话，使用寿命较短。国产的注射单元质量比较差，进口的成本较高。
２注射进样管路比较复杂，由此造成容易污染，记忆效果比较大，清洗较困难的缺点
３注射进样系统如果吸空引入气泡残留在管中，一般比较难*排除，并且造成进样的不准确，尤其是多位阀和存样环的位置，特别容易存气泡。
４试剂消耗量并不比断续流动进样少。注射泵的工作程序是先进行一个测量程序，然后跟着一个清洗程序，其实这个清洗程序消耗的试剂也是非常多的。可以自己设置清洗流程，如果担心达不到清洗效果，就只能使用默认的清洗程序。

蠕动泵的优点：
结构简单，维护方便，成本低。易耗件就是泵管，平时注意涂硅油的话，一般可使用２年左右时间。
缺点：
进样准确不如注射进样。因为蠕动泵进样不稳定因素比较多，首先是蠕动泵电机受电压不稳定影响，造成转动不恒定，其次就是泵管的压紧程度会造成进样量的变化。