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外源性DNA残留量测定法

时间:2018-01-08      阅读:2443

*法 DNA探针杂交法 
供试品中的外源性DNA经变性为单链后吸附于固相膜上,在一定温度下可与相匹配的单链DNA复性而重新结合成为双链DNA,称为杂交。将特异性单链DNA探针标记后,与吸附在固相膜上的供试品单链DNA杂交,并使用与标记物相应的显示系统显示杂交结果,与已知含量的阳性DNA对照比对后,可测定供试品中外源性DNA的含量。 
试剂(1)DNA标记和检测试剂盒 (2)DNA杂交膜尼龙膜或硝酸纤维素膜。 
(3)2%蛋白酶K溶液    称取蛋白酶K 0.20g,溶于灭菌水10ml中,分装后储藏于-20℃备用。 
(4)3%牛血清白蛋白溶液    称取牛血清白蛋白0.30g,溶于灭菌水10ml中。 (5)1mol/L三羟甲基氨基甲烷(Tris)溶液(pH8.0)    用盐酸调pH值至8.0。 (6)5.0mol/L氯化钠溶液 
(7)0.5mol/L乙二胺四乙酸二钠溶液(pH8.0)    用10mol/L 氢氧化钠溶液调节pH至8.0。 
(8)20%十二烷基硫酸钠(SDS)溶液    用盐酸调pH至7.2。 
(9)蛋白酶缓冲液(pH8.0)    量取1mol/L Tris溶液1.0ml(pH8.0),5mol/L 氯化钠溶液2.0ml,0.5mol/L乙二胺四乙酸二钠溶液(pH8.0)2.0ml,20%SDS溶液 2.5 ml, 加灭菌水至10ml。 
(10)TE缓冲液(pH8.0)    量取1mol/L Tris溶液(pH8.0)10ml,0.5mol/L乙二胺四乙酸二钠溶液(pH8.0)2ml,加灭菌水至1000ml。 
(11)1%鱼精DNA溶液    精密称取鱼精DNA 0.10g,置10ml量瓶中,用TE缓冲液溶解并稀释至刻度, 摇匀,用7号针头反复抽打以剪切DNA成为小分子,分装后贮藏于-20℃备用。 
(12)DNA稀释液    取1%鱼精DNA溶液50μl,加TE缓冲液至10ml。 
用于探针标记和阳性对照的DNA制备    用于探针标记和阳性对照的DNA,由生产供试品用的传代细胞、工程菌或杂交瘤细胞提取纯化获得,其提纯和鉴定可参考下述推荐方案进行,具体方法可参考《分子克隆实验指南》([美]J.萨姆布鲁克等著,黄培堂等译,科学出版社,2002)或《精编分子生物学实验指南》([美]F.奥斯伯等著,颜子颖、王海林译,科学出版社,1998)。 
将待提取的细胞基质悬液的细胞浓度调整为每1ml含107个细胞,如果为细菌,则将其浓度调整为每1ml含108个细胞细菌。取悬液1ml,离心,在沉淀中加裂解液400μl混匀,37℃作用12~24小时后,加入饱和酚溶液450μl,剧烈混合,以每分钟10000转离心10分钟,转移上层液体,以饱和酚溶液450μl重复抽提一次;转移上层液体,加入三氯jia烷450μl,剧烈混匀,以每分钟10000转离心10分钟;转移上层液体,加入pH 5.2的3mol/L醋酸钠溶液40μl,充分混合,再加入-20℃以下的无水乙醇1ml,充分混合,-20℃以下作用2小时,以每分钟15000转离心15分钟;用适量-20℃70%乙醇溶液洗涤沉淀1次,以每分钟15000转离心15分钟,弃上清液,保留沉淀,吹至干燥后,加适量灭菌TE缓冲液溶解,RNase酶切,酚/三氯jia烷抽提,分子筛纯化DNA,即得。 
用1%琼脂糖凝胶电泳法和分光光度法鉴定阳性对照品的DNA纯度:应无RNA和寡核苷酸存在;A260/A280比值应在1.8~2.0之间(测定时将供试品稀释至A260为0.2~1.0)。 
用于阳性对照和标记探针的DNA在使用前应进行酶切或超声波处理,使其片断大小适合于DNA杂交和探针标记。 
阳性对照品的DNA浓度根据下式计算 
DNA浓度(ng/μl)= 50×A260 
阳性对照品可分装于适宜的小管中,-20℃以下保存,长期使用。 探针的标记    按试剂盒使用说明书进行。 
测定法  (1)蛋白酶 K预处理  按下表对供试品、阳性和阴性对照进行加样,混合后37℃保温4小时以上,以保证酶切反应*。

注意事项:供试品的稀释 
根据成品zui大使用剂量,用DNA稀释液将供试品(原液)稀释至每100μl 含1人份剂量;如成品zui大使用剂量较大,而供试品的蛋白含量较低,可用DNA稀释液将供试品稀释至每100μl 含1/10人份剂量或每100μl含1/100人份剂量。 
D1、D2、D3为稀释的阳性DNA对照。用DNA稀释液稀释至每1ml中含DNA 1000ng。然后依次10倍稀释成10ng/100μl (D1)、1ng/100μl (D2)、100pg/100μl (D3)三个稀释度;如成品使用剂量较大,而且DNA*(100pg/剂量)较严格时,则需要提高DNA检测灵敏度,相应的阳性DNA对照应稀释成100pg /100μl (D1)、10pg /100μl (D2)、1pg/100μl (D3)三个稀释度。阴性对照为DNA稀释液,空白对照为未进行蛋白酶 K预处理的TE缓冲液。 
当供试品1/100人份剂量大于100μl时,终体积也随之增大,一般终体积为供试品体积的一倍左右,供试品体积和终体积相差过小,可能会影响蛋白酶 K的活性。 
2%蛋白酶 K溶液和蛋白酶缓冲液的比例为1/20,蛋白酶缓冲液和终体积的比例为1/10。 
加入3%牛血清白蛋白溶液适量,是为了使阳性对照和阴性对照中含有一定的蛋白质与供试品(通常为蛋白质)的酶切条件保持一致;如供试品为其他物质,则应改用其他相应物质。 
若预处理后的供试品溶液中的蛋白质干扰本试验,可用上述饱和酚溶液抽提法或其他适宜方法提取供试品DNA(阳性对照、阴性对照也应再次提取DNA,与供试品溶液平行)。 (2)点膜    用TE缓冲液浸润杂交膜后,将预处理的供试品、阳性对照、阴性对照与空白对照置100℃水浴加热10分钟,迅速冰浴冷却,以每分钟8000转离心5秒。用抽滤加样器点样于杂交膜(因有蛋白质沉淀,故要视沉淀多少确定加样量,以避免加入蛋白质沉淀。所有供试品与阳性对照、阴性对照、空白对照加样体积应一致,或按同样比例加样)。晾干后置80℃真空干烤1小时以上。 
(3)杂交及显色    按试剂盒使用说明书进行。 
结果判定    阳性对照应显色,其颜色深度与DNA含量相对应,呈一定的颜色梯度;阴性、空白对照应不显色,或显色深度小于阳性DNA对照D3,试验成立。将供试品与阳性对照进行比较,根据显色的深浅判定供试品中外源性DNA的含量。 
第二法 荧光染色法(新增) 
PicoGreen是一种高灵敏度双链DNA荧光染料。该染料与双链DNA特异结合形成复合物,在波长480 nm激发下产生*荧光信号,可用荧光酶标仪在波长520 nm处进行检测,在一定的DNA浓度范围内以及在该荧光染料过量的情况下,荧光强度与DNA浓度成正比,根据供试品的荧光强度,计算供试品中的DNA残留量。 
试剂  (1)20×TE缓冲液(200 mM Tris-HCl,20 mM EDTA,pH7.5)  加灭菌水配置成1×TE。 
(2) PicoGreen染料  用1×TE缓冲液将PicoGreen染料稀释200倍,应现用现配,并注意避光。 
(3) DNA标准品  取DNA标准品适量溶于TE中,制成100 μg/ml DNA标准品,于-20℃条件下保存。 
标准品溶液的制备   用1×TE缓冲液将DNA标准品配成0ng/ml、1.25ng/ml、2.5ng/ml、5.0ng/ml、10ng/ml、20ng/ml、40ng/ml、80 ng/ml的标准品溶液。 
测定法    精密量取标准品溶液和供试品溶液各400错误!未找到引用源。l于1.5ml 离心管中,分别加入稀释后的PicoGreen染料400 错误!未找到引用源。l,混匀后,避光室温放置5 分钟。取250错误!未找到引用源。l上述反应液于96孔板黑色酶标板中,并做3个复孔。用荧光酶标仪于激发波长480nm、发射波长520nm处测定荧光强度。以1×TE缓冲液测得的荧光强度为本底,测定和记录各测定孔的荧光值。 用标准品溶液的浓度(ng/ml)对其相应的荧光强度作直线回归(相关系数应不低于?),将供试品溶液的荧光强度代入回归方程,求出供试品的残余DNA含量(ng/ml)。 
    注意事项   (1)该法DNA检出限为0.3 ng/ml。DNA含量在1.25-80 ng/mL范围线性较好,因此供试品DNA含量在该范围内可定量测定;当DNA含量低于1.25 ng/mL时应为*,表示为小于1.25 ng/mL。 
(2)若供试品对回收率和精密度无干扰,则可直接测定。 
(3)若精密度好,但供试品轻微干扰回收率时,无需对供试品DNA做进一步纯化,可直接测定,但每次测定均应增加回收率实验,并用回收率对测定结果进行校正。 
(4)若供试品严重干扰回收率和精密度时,应采用适宜方法(参见本项目*法)纯化DNA以排除干扰,直至精密度和回收率试验均符合要求。需要纯化DNA后再进行测定的供试品,每次测定均应从纯化步骤起增加回收率实验,并用回收率对测定结果进行校正。

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