可以采用染色法。碘化丙啶是红色荧光活力染料，结合DNA。碘化丙啶不能穿透活细胞和早期凋亡细胞的细胞膜，当细胞失去膜的完整性，碘化丙啶可染色DNA，也就是说它可以染死细胞，这个是常用的方法。
    Trypan Blue是一种常被使用于细胞染色的染剂。Trypan Blue无法穿透活细胞的细胞膜，但是当细胞受伤或死亡，细胞膜破损时，Trypan Blue则可以通透细胞膜进入细胞内，使细胞染成蓝黑色。利用此一特点，配合血球计数器的使用，则可以在奥林巴斯显微镜（CX22/CX31/CX41)底下，分辨出细胞样本中的活细胞与死细胞，以方便细胞计数。
    一般用美蓝与碱性品红的复合染料进行死菌的区分。染色后，活菌染为蓝色，死菌和培养基偏红，在显微镜（CX22/CX31/CX41)下很好区分。碱性品红用乙醇加热溶解，过滤，按1：10左右加入，可以根据情况适当调整到可以区分活菌和培养基即可。这是发酵中检查是否染菌的zui常用方法。
    蘸取含细菌的液体LB培养基，在奥林巴斯显微镜下直接观察，活菌游动，而死菌不动，这是zui简单的一种粗略的方法，用户可以试试。