待注射样品组分复杂且部分内含物未知，此时保护柱就非常有用。但注意，使用保护柱绝不意味着取消样品的预处理和过滤！如果使用保护柱是为了给分析柱提供足够的保护，那么为避免色谱性能下降就必须频繁地更换保护柱。通过监测塔板数（N）、柱压，和分离度（Rs），就可以判断保护柱和分析柱性能的变化，并在恰当的时刻更换保护柱。

原则上，当满足以下条件时，就需要即可更换保护柱：

塔板数降低幅度超过10%

柱压降升高幅度超过10%

分离度变化幅度超过10%

进样数超过150次