洗瓶一般是拆下清洗。先用20%的硝酸装满洗瓶，然后用往离子水淋洗。在用0.01~0.05%的硝酸重新灌满洗瓶。溶液中也可以加进0.005%体积比的Triton（曲拉通X-100R。Triton能够维持进样毛细管的清洁，从而获得更好的精密度。

  有时碳粒子会沉积在进样毛细管的，此时需要用薄纸将其擦往。假如无法清除，就会影响定量正确度。在分析基体比较复杂的样品时，轻易污染毛细管。在此情况下，可以直接操纵毛细管从一含有20%硝酸的样品瓶中吸取70μL的溶液，当毛细管吸完液体并且仍浸在样品瓶中时，立即封闭自动进样器。过几分钟之后重新启动自动进样器，并排出毛细管中的液体。这样就能对毛细管的内外侧都进行清洗。同样的，对于有机残留物可以使用丙酮作为溶剂按照上述步骤进行清洗。对于聚四氟乙烯的毛细管无论是操纵还是清洗都需要格外的细心。假如样品分析的重复性由于毛细管的弯曲或绞结而急剧下降，就需要立即拉直。假如毛细管尖断损坏，可以使用锋利的解剖刀或剃刀将损坏处以90o方向切除。

  自动进样器需要维护的zui后一部分是注射器。天天都需要检查毛细管和注射器中是否有气泡。系统中存在的气泡会引起定量不准，导致分析结果错误。用户可以按照仪器的使用手册来排除气泡。假如气泡仍然吸附于注射器中，就需要进行清洗了。清洗时可以使用中性洗涤剂清洗，然后用往离子水淋洗干净。确认清洗过程中没有污染引进注射器中。清洗过程中千万小心，不要将柱塞弄弯。