在其焦点上有一个带有针孔的挡板，小孔就位于焦点处，挡板后面是一个光电倍增管。可以想像，探测光焦点前后的反射光通过这一套共焦系统，必不能聚焦到小孔上，会被挡板挡住。于是共聚焦显微镜系统的就是焦点处的反射光强度，通过共聚焦显微镜系统可以对一个半透明的物体进行三维扫描。共聚焦显微镜能提供无比的三维成像，以及对亚细胞结构和动力学过程的测试。使用紫外或可见光激发荧光探针，从而得到细胞或组织内部微细结构的荧光图像，膜电位等生理信号及细胞形态的变化。

 

    共聚焦显微镜系统可以迅速在计算机监视器屏幕上形成荧光图像，照明针孔与探测针孔相对于物镜焦平面是共轭的，焦平面上的点同时聚焦于照明针孔和发射针孔，焦平面以外的点不会在探测针孔处成像，这样得到的共聚焦图像是标本的光学横断面，克服了普通显微镜图像模糊的缺点。可以全部通过针孔被探测器接收。而在共聚焦显微镜系统的焦平面上下位置发出的光在针孔处会产生直径很大的光斑，对比针孔的直径大小，则只有极少部分的光可以透过针孔被探测器接收。而且随着距离物镜焦平面的距离越大，样品所产生的杂散光在针孔处的弥散斑就越大，能透过针孔的能量就越少。