几个基本原则：1. 必须是现有机器配置可以检测到的。2. 对于多色实验，荧光素本身的荧光强度和抗原表达的水平应该是反比。简单的说表达多的抗原所使用的荧光素要选相对较暗的，而表达低的就选较亮的。3. 多色实验选不同激光激发，释放光谱重叠小的荧光素。

光源的选择主要根据被激发物质的激发光谱而定。氩离子激光器的发射光谱中，绿光514nm和蓝光488nm的谱线强，约占总光强的80%；氪离子激光器光谱多集中在可见光部分，以647nm较强。免疫学上使用的一些荧光染料激发光波长在550nm以上，可使用染料激光器。将有机染料做为激光器泵浦的一种成份，可使原激光器的光谱发生改变以适应需要即构成染料激光器。例如用氩离子激光器的绿光泵浦含有Rhodamine 6G水溶液的染料激光器，则可得到550～650nm连续可调的激光，尤在590nm处转换效率高，约可占到一半。紫色激光器荧光染料 405 nm 激发。适用于丰度较高的抗原。绿色和黄绿色激光器的荧光染料 532 561 nm 激发。用于配有合适的滤光片通道的流式细胞仪光耐受强并且不依赖于PH值，是荧光显微镜技术的选择蓝光激光器荧光染料 488 nm 激发。适用于荧光显微镜技术。红光激光器荧光染料 633 nm 激发。适用于配备氦氖激光器或红色二极管激光器的流式细胞仪