研究作物生长，不仅需要研究其地上部分，如叶片、冠层结构、茎秆等，还需要研究作物的地下部分，主要是作物的根系，因为植物所需的水分和养分都是通过地下部分的根系来获取的。因此在作物生长研究中，补齐根系相关的研究数据才能算是完整的研究。不过作物的地下部分-根系形态结构复杂，利用植物图像分析系统来获取根系数据，比人工测量更加和准确，可为作物的地下研究提供方便。

作物的地下研究往往会由于深埋于地下，而给根系的取样、测定、观察等带来了比较大的困难，再加上根系结构较为复杂，要想测量根总长、根平均直径、根总面积、根总体积等都不太容易，费时费力不说，还容易出错。这些问题都制约了作物地下部分研究工作的开展。而植物图像分析系统作为一种全新的直观、、可靠的研究手段，实现了根系形态参数的快速准确测量与分析，因此它的出现，使得根系分析这项工作简单了很多，极大的提高了工作的效率和工作成效，推动了作物地下研究工作的顺利开展。

另外，植物图像分析系统为作物的地下研究提供方便，使得作物的根系研究得以深入推进，而这些研究工作对于精细农业的发展意义重大，尤其是在灌溉、防治病虫灾害等方便。比如通过研究研究不同修剪方法对作物根系生长发育的影响，可以以此为依据，制定科学的管理措施，帮助生产者们确立适宜的灌溉制度，及时开展病虫灾害防治等，进而切实有效的提高作物的管理水平，达到安全生产、节本增效的生产效果，推动现代农业的健康可持续发展。