TruSeq Amplicon - Cancer Panel（TSACP）

Illumina公司的泛癌panel通过高度多重靶向重测序方法，使用212个扩增子靶向48个基因检测癌症基因组数百个突变热点中的体细胞突变。适合临床快速地发现、验证和筛选癌症相关遗传变异。

TSACP临床应用可行性验证文献

文章验证了TruSeq Amplicon - Cancer Panel（TSACP）应用临床实验室的可行性

Validation of a Next-Generation–Sequencing Cancer Panel for Use in the Clinical Laboratory

Birgitte B. Simen, et al. doi: 10.5858/arpa.2013-0710-OA

文章背景：新一代测序的发展方便了小样本多基因突变的高通量处理和高灵敏检测。对于包括癌症在内的多种疾病，了解病人目标基因全面的突变情况有助于护理、临床试验以及进一步研究。

目的：验证一个泛癌的高通量检测是否适合临床使用。

设计：从68份临床样本和5份正常对照中提取DNA。其中64份 用TruSeq Amplicon Cancer Panel（illumina公司）成功处理，运行4次完成测序。数据使用4种不同filter设置分析（测序深度和突变频率cutoff）。

结果 ：40个样本构建的文库能在一次运行中成功测序，并且测序深度足够进行稳健的数据分析。使用临床样本和对照品的稀释表明突变检测灵敏度低至5%。检测具备高重复性和可重复性，并且与临床验证的Sanger测序结果100% 一致。使用 AmpliSeq Cancer Hotspot Panel（Thermo公司）做对比检测，97% 的突变两种panel都检测到了。

结论：验证了TruSeq Amplicon Cancer Panel是一种高灵敏度、高通量的泛癌突变panel，作为癌症相关42种基因热点突变的检测适合用于临床检验的常规使用。

方法和产品

DNA提取

血液和骨髓样本DNA提取：QIAamp DNA Mini Kit （Qiagen公司）

FFPE样本：QIAamp DNA FFPE kit （Qiagen公司）

FNA样本：QIAamp DNA Micro Kit (Qiagen)

DNA定量 ：Qubit dsDNA BR assay（Thermo）

FFPE 和FNA样本质控：FFPE QC Kit（illumina）

扩增子文库制备：TruSeq Amplicon - Cancer Panel （illumina）

测序： MiSeq Reagent Kit（illumina）

Sanger测序等验证产品略

订购信息

自备仪器：Miseq测序仪、Qubit 荧光定量仪等

华雅旗下红荣微再（上海）生物工程技术有限公司主营医疗和细胞治疗等产品。

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