电磁兼容仿真基于计算电磁学发展而来，融合了电磁场理论、数值分析方法和计算机软件等理论。电磁场的算法是仿真的依据，其理论基础便是麦克斯韦方程。麦克斯韦方程组是电磁场理论最高度概括的数学模型。在电磁兼容三维仿真中用到的典型计算方法包括有限元法（FEM）、有限积分法（FIT）等。

电磁兼容仿真是仿真领域的一个难题。大部分的电磁兼容问题与结构有关，因此首先要精确建模，要求模型包含设备中的各种细节，从而需要进行庞大的网格划分来实现。但是过于庞大的网格，不但影响仿真效率，还经常导致仿真出错。另一个难题是电磁兼容仿真是一个大带宽的仿真。在一个固定频率下，计算电磁场所需的时间可能较短，但是要想获得整个频段的仿真数据，可能需要很长的时间^[2]。