由透射电镜的工作原理可知，供透射电镜分析的样品必须对电子束是透明的，通常样品观察区域的厚度以控制在约100-200nm为宜。薄片制备系统所制得的样品还必须具有代表性以真实反映所分析材料的某些特征，因此，样品制备时不可影响这些特征，如已产生影响则必须知道影响的方式和程度，透射电镜样品制备是一个涉及面很广的题目，方法也很多。

 

    薄片制备系统能够提供小于3埃的图像分辨率，这使得失效分析实验室能够大幅缩减数据采集的时间，而不会降低图像质量。另外，将高分辨率成像和薄片制备系统集中到一台仪器上，有效的节省了实验室空间。一般多用超薄切片技术，将大尺寸材料制成适当大小的超薄切片，并且利用电子染色、细胞化学、免疫标记及放射自显影等方法显示各种超微结构、各种化学物质的部位及其变化。对生物大分子、细菌、病毒和分离的细胞器等颗粒材料，常用投影、负染色等技术以提高反差，显示颗粒的形态和微细结构。