顶空进样气相色谱仪色谱柱的温度对组分的分离效果有很大影响，因此必须选择合适的温度，并通过温度控制器使色谱柱的温度在工作期间保持恒定。色谱柱工作温度范围可由几十摄氏度到三百多摄氏度，主要取决于样品各组分的沸点。对于沸点较低的组分，可选用较低的工作温度；而若要分离的样品各组分的沸点较高，则应选择较高的工作温度。如果各组分的沸点相差很大，为了能对低沸点组分和高沸蠃组分同时具有较好的分离效果，顶空进样气相色谱仪可采用程序升温的方法，即通过程序控制，使色谱柱的温度在分析过程中逐步地或分段地升温。

　　顶空进样气相色谱仪色谱柱不是的，必须根据被测混合物各组分的特性选用合适的色谱柱（即选择固定相），使得各组分能在色谱柱中得到充分的分离。为此，气相色谱仪往往有多支色谱柱可供选择；另外，为提高色谱柱的分离效率和稳定性，色谱仪常采用多柱系统组合方式，即让样品按一定的顺序先后流过两个色谱柱。这可以通过仪器中的柱切阀来进行柱子的切换。

　　进样装置实验室用顶空进样气相色谱仪在分析液体样品时可用注射器针头刺入密封的橡皮膜盖，手动进样；若分析气体样品，则可用定量管进样。工业用色谱仪都用定量管进样。定量管进样的方法是：经过处理后的被测样品由管道流过电磁阀（用来控制样品的进入）后进入取样阀。取样阀的作用是将一定量的样品送入色谱柱中，顶空进样气相色谱仪常见的取样阀有直线滑阀和六通平面转阀等。给出了六通平面转阀在取样和进样时的情况。取样时的情况，样品流入取样阀经过定量管后流出，载气经取样阀直接流入色谱柱；阀盖旋转60。后即为进样时情况。这时，载气人口与定量管相连，在载气压力的作用下，把定量管中的样品带入色谱柱。可见，进样量的大小除与定量管及与阀的连接管的体积有关外，还与样品进入时的温度、压力有关。因此，顶空进样气相色谱仪样品在进入取样装置前应进行预处理。对于气体样品，除了过滤外，还要进行压力和温庋的控制，以保证进样的准确性；对于液体样品，一般只需过滤和减压处理，但在进样后需要经过汽化室，使样品在进入色谱柱之前迅速汽化。