在给某细菌定名，分类作记载和发表时，为了使定名准确和作为分类概念的准则，以纯粹活菌（可繁殖）状态所保存的菌种。相当于动植物分类中的模式标本。在进行细菌等的分类和鉴定时，生理学和生物化学特性十分重要，但若就这些性质进行试验，就必须应用许多纯分离的新细胞。因此，作为分类标准的菌种，也有必要进行纯粹分离，并以活菌（可以分裂）状态保存。在标准菌种中，对于从作过原始记载的作者实际分离或应用的菌株，通过营养繁殖获得和保存的菌株，称为正标准菌株。此外，当原作者使用复数菌株，以后的研究者选择其中之一作为适当的菌株时，称该菌种为选定标准菌株。当原作者使用的菌株失掉，以后的研究者就新的菌株研究，记载后，确认可以作为国际上正标准菌株的代替菌株时，称该菌株为新模式菌株。保存菌种时，必须留心不使菌株在保存过程中死亡或发生变异。常用的保存方法是冻结干燥法。模式菌株应由适当的菌种保存机构保存。

　　标准菌种使用注意事项：

　　1、标准菌种是不可以从冰箱中取出直接使用的，需在实验前进行活化；

　　2、从标准菌株到实验使用的菌悬液的传代次数应不得超过5代，以防止过度的传代增加菌种变异的风险。在2015版药典“9203药品微生物实验室质量管理指导原则”中明确指出：任何形式的转种均被认为是传代1次。

　　3、标准菌株复苏后的一代，一般是不保存的，因为菌种刚刚从冻干粉的状态复苏，活性还未恢复到不错的状态，再复壮而得的二代菌种，也就是标准储备菌株，需进行纯度和特性的确认，这个确认记录可证明在操作过程中，菌株未污染杂菌且活性与标准菌株一致。

　　4、保藏时应选择适宜的菌种保存方法，并注意标示必须清晰明确。由于在试验过程中，实验菌种的活性和特性依赖于合适的试验操作和贮藏条件，大家也越来越重视实验菌种的状态，如果保藏方法及管理不善，菌种优良特性便会退化、丧失，甚至导致死亡，就会影响实验结果。