控中心废水排放一般分两部分：一部分为生活污水,一部分为相关病床及医院产生的污水。针对进出水的水质水量要求疾控中心废水处理所用工艺必须确保处理出水达标,主要采用的三种工艺有：加强处理效果的处理,二级处理和简易生化处理。可以将大肠杆菌数量长期控制在较低的水平,通过过滤系统的出水保证达到水质要求,出水各项指标达到医疗污水排放标准,指导建立公共卫生监测系统，对影响人群生活、学习、工作等生存环境质量及生命质量的危险因素，进行营养食品、劳动、环境、放射、学校卫生等公共卫生学监测；对传染病、地方病、寄生虫病、慢性非传染性疾病、职业病、公害病、食源性疾病、学生常见病、老年卫生、精神卫生、口腔卫生、伤害、中毒等重大疾病发生、发展和分布的规律进行流行病学监测，并提出预防控制对策。