保持色谱柱长寿的关键是进样前适当的样品处理。你必须防止将疏水性/与流动相极性差别很大的化合物泵入色谱柱， 不管是来自流动相还是样品。特别地，要禁止导入颗粒杂质。这些zui终都会造成操作压力的增高而且非常困难或者不可能去除。
一定要使用保护柱，因为样品和洗脱液污染可能会造成柱压力的增高而且影响选择性。对于分析色谱柱建议使用配套的保护柱。这个柱子的填充材料与用于分析的色谱柱的材料相似。当柱压增高的或者观察到柱效降低的时候就需要更换保护柱了。
贮存时应注意：
一定不要在柱子内充满缓冲液或者其他含盐类的洗脱液的情况下贮存色谱柱。 贮存溶剂应当含有至少20%的有机溶剂，以防止有细菌的生长。