烟气在线监测系统中，二氧化硫的含量也参与到脱硫系统的自动调节工作中，所以当烟气在线监测系统中取样管路吹扫时，系统检测到的数据就会出现很大的变化，从而影响到脱硫系统的自动调节。如果使用半干法进行脱硫工作，脱硫率仍然会在取样管路吹扫时发生较大的变化，并且，由于脱硫塔中喷入的消石灰量是以烟气中二氧化硫含量的计算结果为基础，所以在烟气在线监测系统取样管路进行吹扫时，由于二氧化硫含量计算结果不准确，所以消石灰量也不正确，这就在很大程度上影响到实际的脱硫率。在实际工作过程中，如果要想得到准确的脱硫率，就要在烟气在线监测系统取样管路吹扫之前，就退出消石灰的给定自动。但是由于烟气在线监测系统的取样管路吹扫频率为每两个小时一次，所以需要退出消石灰给定自动操作会比较频繁。