手工清洗常用清洗剂为洗洁精、去污粉、自制清洗剂等，大部分残留物能做到有效清除。但这些清洗剂大多含有表面活性剂，对后续的漂洗造成巨大困难，需经过多次冲洗才能清除其中表面活性剂残留，且手工清洗时需佩戴好手套，防止长时间接触清洗剂造成伤害。

一般残留物，清洗温度越高，清洗效果越好，而手工洗瓶需要皮肤直接接触瓶皿和清洗用水，难以实现高温煮洗。

清洗众多瓶皿，手工洗瓶无法确保每个瓶皿的清洗时间相同，无法实现标准化批量清洗，每个瓶皿的清洗程度和清洗时间或多或少会有些差异。

手工清洗除了用水进行冲洗外，针对较难清洗的瓶皿，会使用毛刷等工具进行辅助清洗，多次使用毛刷清洗，会导致瓶皿内壁出现不规则划痕与刮花，影响后期使用。

手工洗瓶遇见难以清洗的残留，会采用长时间的浸泡方式，通过软化瓶皿内的残留物，将瓶皿清洁干净。这种方式大大降低了洗瓶的速度。