叶绿素a经常用于表征浮游藻类的生物量水平。因此，也可通过测定叶绿素a等光合色素反映水体的富营养化程度。《水质叶绿素a的测定分光光度法》（HJ 897-2017）规定了在实验室测定叶绿素a的丙酮萃取分光光度法，通过抽滤、研磨、萃取、离心和比色测定叶绿素a含量。虽然在实际工作中提出了用反复冻融取代研磨、用乙醇代替丙酮萃取等提高提取效率的优化方法，但仍然存在叶绿素a容易在繁琐的实验过程中发生光降解的问题，需要在操作中尽量避光降低影响。

目前，搭载合适传感器的多参数水质分析仪可直接在水体中测量叶绿素和藻蓝蛋白含量，它可同时测定叶绿素在蓝色激发光下的荧光强度和藻蓝蛋白辅助染色体在橙色激发光下的荧光强度，将其转化为浮游藻类种群生物量的估计值。这种原位检测手段在自动监测站和应急事件中能发挥更好的作用。