菌种培养食用菌的种类虽然繁多，但从总体上看，每一个优良菌种均有"纯、正、壮、润、香"的共性。其标准是：
1、菌种的纯度要高，不能有杂菌感染，也不能有其他类似的菌种。
2、菌丝色泽要纯正，多数种类的菌丝应纯白、有光泽，原种、栽培种菌丝应连结成块，无老化变色现象。
3、菌丝要粗壮，分枝多而密，接种到培养基吃料块，生长旺盛。
4、培养体要湿润，与试管（瓶）壁紧贴而不干缩，含水适宜。
5、具有每品种*的清香味，不可有霉、腐气味。
菌种培养金黄色葡萄球菌    Staphylococcus aureus
粪肠球菌    Enterococcus faecalis
致泻大肠埃希氏菌    Escherichia coli EPEC O86：K61
沼泽红假单胞菌    Rhodopseudomonas palustris (Molisch) van Niel
具核梭杆菌多形亚种    Fusobacterium,nucleatum subsp. polymorphum
大肠埃希氏菌(大肠杆菌)    Escherichiacoli
东方伊萨酵母    Issatchenkiaorientalis
黑曲霉    Aspergillus niger
黑曲霉    Aspergillus,niger
荧光假单胞菌    PseudomonasfluorescensMigula
大肠埃希氏菌    Escherichia coli
大肠埃希氏菌    Escherichia coli
黑曲霉    AspergillusnigervanTieghem
茄链格孢（番茄早疫病菌）    Alternaria solani
茄链格孢（番茄早疫病菌）    Alternaria solani
菌种培养