仅靠一种方法来治理是难以消除其富营养化和水华的现象，任何富营养化水体。必需采用综合治理的措施才干奏效。具体地说，就是污染源的控制与富营养化水体自身的治理相结合。污染源控制和治理方面，要对点污染源（如生活污水、工业废水等）和非点污染源（如农田径流等非点污染源）控制与治理并重，要*改变一贯地偏重于点污染源的控制与治理，而忽视非点污染源的控制与治理。应当清醒地认识到国随农田径流进入水体的营养物氮和磷的负荷总量与点污染源大致相同，有些地方（农业地区）甚至更大。因此，必需加大力度控制面污染源进入水体的营养物负荷。

　　海洋赤潮的发生，上几十年的研究和工程实践证明。跟淡水水体（尤其是湖泊、水库和缓流的河流等）蓝藻迸发或其它藻类（硅藻、金藻、黄群藻等）水华，其限制性营养物是不同的海洋赤潮爆发的限制性营养物为氮，而淡水水体水华的限制性营养物则为磷；河口处（即海水与淡水交汇处）水华的限制性营养物则为氮和磷。北欧作为处置污水的受纳水体的湖泊，其污水处置设施，往往并不采用生物处置工艺，也不采用A2/O或改良的A2/O工艺，而是采用以化学混凝沉淀为主体其后附加微絮凝接触过滤的强化一级处置工艺，以除磷为主要目的而且后出水TP≤0.2mg/L附带去除局部有机物（COD和BOD5和氮。其处置流程为：原生污水→预处理设施→化学混凝沉淀（混合-絮凝-沉淀）出水TP≤1mg/L微絮凝接触过滤→出水TP≤0.2mg/L

　　都可应用渗滤沟去除污水或径流水中的磷（包括溶解的和不溶的磷化物）渗滤沟汇水面积较小而在暴雨时不致出现洪水排泄的情况下，德国及欧洲富营养化湖泊和水库防止富营养化的工程措施凡是污水流量小和地表径流量动摇不大的地方。这种方法尤为可行。这样的渗滤沟，既可用于流域面积小和汇水流量≤100L/河沟，也可加以改进用于一些单独污染源的治理，如农场、牧场，只要具有所需的坡度和适宜的土壤可供渗滤吸附即可。

　　如果有足够的氧存在这些磷将被固定在底部而不溶出，前置水库（或者为前置塘和人工湿地）作为生物反应器进行生物除磷。其工作原理是基于大的生物量（如藻类、浮萍、芦苇等）将磷从水中转移并固定于生物体中。这些生物体后大都堆积于湖（库）底。这种除磷反应器（前置水库或塘-湿地）可以多个串联运行，其去除磷酸盐的效率可达99%中欧地区的夏季，正磷酸盐去除率为70-90%而在冬季由于水温降低和光照强度减弱，其除磷率下降至0-30%

　　胜利地改善了一个人工湖泊（平均水深7m这种控制措施的关键是减少浮游植物量。其办法是湖中每年投加适量的肉食性鱼类如狗鱼和鲈鱼，德国东部采用了生物控制。去吞食那些扑食浮游动物的小鱼，几年后这种小鱼的数量显著减少，而浮游动物如水蚤、轮虫等增加了从而使作为其食料的浮游植物量较少。整个水体的透明度随之提高，细菌较少，以及氧的水深分布状况改善。但是也发现，浮游植物群落有所变化，使蓝藻生长抬头，因为它不能被浮游动物扑食，为此可放养鲢鱼扑食蓝藻并控制其过度生长和繁殖。

　　这会引起水体中藻类群落、藻类种群数量和生长繁殖速率的变化，-人工混合法消除湖（库）水体的分层现象：用曝气机进行曝气和搅拌混合。同时曝气充氧也能弥补由生物新陈代谢活动引起的亏氧。通过机械搅拌混合，浮游植物会被输送到光照少的深水层，此时其呼吸速率会逾越光合速率。此外，混合消除分层现象对于浮游动物尤其是大型水蚤有利。人工搅拌混合，使水体浑浊，也有助于抑制藻类的过度生长繁殖，例如抑制硅藻的生长。这种藻在3oC就开始繁殖，通过搅拌混合使水体变浑浊，抑制和延缓了其繁殖；其生长高峰在45月份，此时浮游动物也大量出现并将其吞食，从而控制了其生长。下层曝气充氧消除厌氧还原环境，防止底泥中磷的溶出和释放投加化学药剂：可往湖泊或水库中投加化学药剂一杀灭藻类。德国东部Klingenberg和Lehmuhl水库用石灰杀灭一种大量繁殖的游动藻（Synurauvella投量为7g/m3数日后藻便被杀灭，水体pH上升至9.2但是7天后pH便恢复到7-7.5而且这种藻类再未出现。