气相色谱质谱联用仪利用气相色谱对混合物有较强的分离能力，在气相色谱/质谱联用仪中，气相色谱仪是作为质谱仪的进样装置，使混合物进入离子源之前，先经气相色谱仪的分离，各组分按时间顺序进入离子源，所产生的离子经质谱仪不断进行扫描测量，得到各化合物的总离子色谱图和对应的特征谱图，这样可以进行定性和定量分析。由于联用仪实现了时间和质量的分辨，因此，可以分析含有几十种甚至上百种组分的混合物。
 

　　能推断出化合物可能的结构式，对脂类及芳香油等复杂样品尤为适用。它所进行的定性定量分析涉及到十分广泛的领域，如食品化学、植物化学、石油化学、高分子化学、金属有机化学、化工、农药、医学、环保、昆虫学、毒物学等。在纺织检测领域也应用气相色谱/质谱联用仪检测偶氮染料的含量等。
 

　　气相色谱质谱联用仪综合了气相色谱仪和质谱仪的优点，弥补了各自的不足，具有灵敏度高、分析速度快和鉴别能力强的特点，可同时完成待测组分的分离和鉴定，可用于多组分混合物中未知组分的定性和定量分析，判断化合物的分子结构，准确测定化合物的分子量，对生物样品和体液中药物及代谢物进行痕量分析，对挥发性成分可直接进行定性和定量分析，对不挥发性成分和热不稳定的物质可进行适宜的衍生化再进行分析。
 

　　气相色谱质谱联用仪通过数据处理系统设定各种分析条件；具备数据采集与分析、样品测定、实时显示、谱库建立和检索等功能；自动记录和审核样品分析过程中的所有数据。应用软件可检索标准质谱图和用户自己建立的质谱图库。操作人员可设计、改进和储存自己的分析方法。