超声波破碎仪利用超高压能量使细胞破碎。与超声波相比，超声波细胞粉碎仪的优点有：保持细胞活性，省时样品损失少，可以处理大量样品。因此超声波细胞粉碎仪的不断发展和改进，对大规模生产的贡献是十分可观的。

　　在工业应用方面，利用超声波进行清洗、干燥、杀菌、雾化及无损检测等，是一种非常成熟且有广泛应用的技术。质点的加速度经计算一般可达重力加速度的二千倍以上。在40℃－50℃水温F超声波强化萃取，无水煮高温，不破坏中药材中某些具有热不稳定，易水解或氧化特性的药效成份。

　　超声波破碎仪工作原理是基于超声波在液体中的空化效应。换能器将通过变幅杆的电能在刀头顶部的液体中产生高强度的剪切力，形成高频交变水压，使腔体膨胀爆炸，粉碎细胞。另一方面，由于超声波在液体中的剧烈扰动，粒子产生极大的加速度，使它们相互碰撞或与装置壁碰撞而破碎。

　　而超声波清洗器的工作原理是利用超声波发生器的横频信号，由换能器转换成横频机械振动，传递给介质清洗液。强超声波在清洗液中以密集相间的形式辐射到被清洗物体，出现“空化”现象，即在清洗液中形成“气泡”，当声压或者声强受到压力到达一定程度时候，气泡就会迅速膨胀，然后又突然闭合，产生1012-1013pa的压力及局调温，使物体表面、孔和缝隙中的污垢分散、破碎、剥落，使物体得到净化和清洁。

　　虽然超声波破碎仪与超声波清洗器之间原理是相通的，但主要区别在于超声波细胞破碎仪是将所有能量集中在探头上，而超声波清洗机的能量均匀分布在清洗槽底部。因此，超声波清洗器更倾向于脱气和清洗，而超声波破碎设备则倾向于细胞破碎、乳化及均质。