加热迅速
传统热萃取是以热传导、热辐射等方式自外向内传递热量，而微波萃取是一种“体加热”过程，即内外同时加热，因而加热均匀，热效率较高 [4]  。微波萃取时没有高温热源，因而可消除温度梯度，且加热速度快，物料的受热时间短，因而有利于热敏性物质的萃取。
选择性加热
由于微波可对萃取物质中的不同组分进行选择性加热，因而可使目标组分与基体直接分离开来，从而可提高萃取效率和产品纯度。
节能
常规加热设备的能耗主要有物料升温的热损失、 设备预热及向外界散热的损失，后两项的热损失占总能耗的比例很大，使常规加热能量利用率较低 [4]  。 微波加热时，主要是物料吸收微波能，金属材料只能反射而不能吸收微波。 因此，微波加热设备的热损失仅占总能耗的极少部分。 再加上微波加热不需要高温热介质，绝大部分微波能量被物料吸收转为升温的热量，形成能量利用率高的加热特征，与传统的溶剂提取法相比，可节省50%~90%的时间。
易于控制
控制微波功率即可实现立即加热和终止，而应用人机界面和PLC可实现工艺过程的自动化控制。
安全环保
微波萃取过程中，无有害气体排放，不产生余热和粉尘污染。
伴随产生生物效应
微波加热过程中除产生热效应外，还可伴随产生生物效应( 非热效应) [3]  。 由于生物体内的水分是极性分子，在微波的交变电磁场作用下引起强烈的极性震荡，导致细胞分子间氢键松弛，细胞膜结构破裂，加速了溶剂分子对基体的渗透和待提取成分的溶剂化。