蛋白质芯片技术又称蛋白质阵列，是指将已知的大量蛋白质固定在经化学修饰的固相载体上，在保留蛋白质物化性质的基础上，蛋白质与载体表面结合，再用激光扫描系统或者电感耦合器件获取相关图像；然后用专门的计算机软件分析图像、定性定量结果。Howell等采用俗称软蚀刻的微接触印刷技术制作出了一种可以检测大肠杆菌E.coli O157∶H7及鲑肾杆菌的抗体微阵列，结果表明：此芯片与其他有害微生物的交叉反应少，检出浓度为7×107cfu/ml，检测时间是40min，是一种很有效的微生物检测方法。
　　方珍建立了检测E.coli O157
　　H7的液相蛋白芯片方法。通过绘制检测曲线，分别应用该方法及H2O作溶解剂的液相芯片方法检测实际牛肉样品。比较该方法与细菌分离培养法的阳性检出率，能检出阳性的低浓度为103cfu/ml，低检出限为100cfu/ml；与18种肠道菌无交叉反应，特异性良好；3次重复实验，批间变异系数7.61，重复性良好；应用该方法检测牛肉样品中人工添加细菌，能检出阳性的低浓度为0.5cfu/ml；应用该方法检测154份实际牛肉样品，检出阳性样品19份，而细菌培养法检出阳性样品16份。蛋白质芯片技术是一种高特异性、高灵敏度、高通量、重复性好、应用性强、适用范围广且微型化的分析技术，在生命科学的各个研究领域有很好的发展前景，但同基因芯片技术一样，检测费用高，发展还不成熟。
　　纳米金标记技术
　　纳米金标记技术是指直径在1nm—100nm金的微小颗粒，具有高电子密度，介电特性和催化作用，可以与多种生物大分子结合，且不影响生物大分子的生物活性。近年来，基于纳米金标记的快速检测研究在有害微生物方面应用比较多，检测的微生物种类也比较多，国内外科技工作者通过对纳米金颗粒表面特性的处理以及在纳米金颗粒表面标记上特定的寡核苷酸探针，开发研究出了新的微生物检测系统。
　　利用氨基偶联法在传感器表面固定多克隆抗体作为一抗，金纳米粒子标记的大肠杆菌E.coli O157∶H7的多克隆抗体作为二抗，通过三明治方法用双通道表面等离子体共振传感器对E.coli O157∶H7进行检测。SPR直接法检出限为103cfu/ml，线性范围为103cfu/ml—109cfu/ml；金纳米粒子增强三明治法的检出限为10cfu/ml，线性范围为10cfu/ml—1010cfu/ml，灵敏度提高100倍，检测范围更宽，检测时间缩短，选择性和重现性较好。此技术具有简单、快速、灵敏度高、特异性强、价廉、样品所需量少等优点，适合现场筛选，在饲料检测中有着广泛的应用价值和发展前景。
　　目前，生物学领域的专家通过对微生物快速检测方面深入的研究，开发了一系列技术，有ATP荧光仪、多功能微生物荧光检测仪、微生物实时光电检测系统、纸片法。这些用于食品中有害微生物的快速检测技术，未来同样可以在饲料中应用，这些方法的应用将为饲料安全提供有力的保障，同时可以促进我国饲料工业的持续健康发展。下面重点介绍常用的两种有害微生物快速检测设备。
　　微生物快速检测系统
　　高性能便携式微生物检测仪将多种检验方法的优点集合应用，如培养皿法、酶法、免疫法、基因法，具有便捷、操作简单、检验迅速、高灵敏性、高特异性、消耗成本低、定性半定量测量等诸多优点。
　　快速检测对象:活菌总数、大肠菌群、大肠杆菌、肠道杆菌科、金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、沙门氏菌、李斯特菌、肠球菌、产气荚膜梭菌、亚硫酸盐还原梭状芽孢杆菌、霉菌(、酵母菌、军团菌等，可以定量检测。
　　快速检测产品特点有应用范围广，应用于食品、饲料、药品、水质、空气微生物检测等众多领域，可检测固态、液态、气态及膏状、浆状等多种样本。使用方便：一套便携系统即可完成采样、实验、后处理等工作，无需配备多种检测仪器。操作简单：检测样本只需1ml或1g，且无需前处理，只需3个步骤就可完成操作。高灵敏度：可检测到数量级为1cfu的目标微生物，满足国内国际微生物检测标准。高特异性：特异性高达99.999%，杜绝非目标微生物造成的实验干扰。准确度高：可定量分析。检测数量：8个插槽可同时提供8项不同实验，13类不同标准培养环境。快速检测：快10min即可得到检测结果，可用于现场检测。高智能化：能够自动控制孵育温度和孵育时间，并可自动生成实验报告。全自动化：独立、持续地检测并记录瓶中的微生物数量。
　　将激光扫描合成成像技术与活细胞荧光酶标记相结合，研制成功 RDI微生物快速检测仪。该仪器可在1.5小时内对可过滤样品中的微生物及原生虫进行快速计数，适于食品、饲料，化妆品及药品行业。其特点：只检测活细胞数，激光对整张滤膜扫描后自动读数，速度极快、无需增菌，可在90—l00min内出结果；可选配荧光显微镜与仪器连接，自动定位对可疑微生物进行确认观察。灵敏度：可检测出1个微生物或原生虫；检测范围：1—5000个细胞。