GC载气中的常见的污染物有水分，氧气，烃类化合物和卤代烃，其对色谱柱的寿命及被分析物的检测有很大影响，不良的影响包括：

水分：

是色谱柱固定相降解的常见原因；可以损坏仪器；

氧气：

最常见的污染物；是色谱柱固定相降解和进样口衬管性能下降的常见原因；可引起不稳定被分析物的分解；

烃类化合物和卤代烃：

通过增加检测器背景噪音而降低检测器灵敏度；还可引起基线漂移或波动、污染物色谱峰、噪音或高的基线补偿。

水分，氧气，烃类捕集阱是GC中常用的捕集阱。