蛋白质定性分析通常是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。蛋白质定性分析分为top-down分析和bottom-up分析两种策略。目前，bottom-up分析策略被更广泛的应用于蛋白质定性分析工作。

　　Bottom-Up（自底向上）和Top-Down（自顶向下）两种策略“自底向上”策略是指通过分析由蛋白质酶解生成的肽段来鉴定蛋白质。当应用该策略来分析蛋白质组混合物时，因其类似于基因组测序的，所以又被称为白质组学（Shot-gunProteomics)。“自顶向下”策略直接鉴定完整蛋白质，在翻译后修饰和蛋白质同素异构体鉴定方面有一些潜在的优势。可是该策略的缺陷是蛋白质在气相中分离、电离及碎裂都十分困难。而蛋白质组学由于将蛋白质酶解成肽段，使其在气相中更容易被分离、电离和碎裂。

　　2.蛋白质定量分析：确定样品中总蛋白含量，或者某种单一蛋白成分的含量。

　　一、蛋白质相对定量分析

　　相对定量的目的是测定目的蛋白在两个或多个样本中的表达量的相对比例，而不需要知道它们在每个样本中的表达量。例如，如果研究项目中包括处理过的和未经处理的对照样本，通常可以将未经处理的样本做为对照组，经处理的样本的定量结果除以对照样品的定量结果，就可以计算各个处理样本的蛋白含量相对于对照组样品的百分比。

　　二、蛋白质定量分析

　　目前基于质谱的定量蛋白质组学研究主要是指靶向蛋白质组学。靶向蛋白质组学分析，是指对目标蛋白质（或修饰肽段）进行定性和/或定量分析，或者用于验证大规模蛋白质组学的结果。基于质谱的靶向蛋白质组学分析方法，由于没有物种限制并具备多目标同时分析能力等优势，受到越来越多的关注和应用。其技术方法经历了从传统的SRM/MRM（选择性/多反应监视，selected/multiplereactionmonitoring）到PRM（平行反应监视，parallelreactionmonitoring）的发展历程。

　　定量蛋白质组学应用方向：验证定量蛋白质组学结果、验证翻译后修饰蛋白质组学结果、目标蛋白质/相对定量分析、诊断标志物靶向筛选、诊断标志物验证与定量、验证基因表达产物。