（1）光路不同：原子吸收光源、原子化器和检测器在一条光路上；原子荧光为垂直光路。

（2）原理不同：原子吸收利用原子的特征吸收光谱；原子荧光则利用原子的激发-跃迁光谱（荧光）。原子荧光的特长是测量As，Se，Hg等一些过度元素和特殊的金属元素。原子荧光和原子吸收在实验室里没有ICPMS的情况下作为互补，可以测量大部分金属元素和过度元素。具体谁更有*性，检测限更低要根据具体的元素来定。

（3）灵敏度不同：对于原子吸收，增加光源强度同时会增加背景吸收，而原子荧光信号强度与激发光源强度成正比，故灵敏度可以大大提高。