低温喷雾干燥机在使用时清洗方法在一定程度上是可以根据实际选择干洗、湿洗或化学洗，实验室喷雾干燥机在进行干洗的过程中，可以有效的用刷子、吸尘器进行清扫，湿洗：用60~80℃的热水进行清洗。
低温喷雾干燥机在采用化学清洗的过程中，在进行操作的过程中可以采用酸液、碱液以及各种洗涤剂清洗，在进行使用时其中酸洗，会有效的将其HNO3配成1~2%浓度的溶液，加热温度不超过65℃进行洗涤，然后用水清洗；碱洗：将NaOH配成0.5~1%浓度的溶液，加热温度不超过65℃进行洗涤，然后用清水清洗。
实验室喷雾干燥机在一定程度上应该有效的按照其周围的环境条件，其空气的含尘量的高低而定，一般含量高的3~6星期清洗一次，含尘量低的6~8星期清洗一次。其中的不锈钢细丝，用碱洗法洗涤后，仍应均匀地敷设到空气过滤器的框架内，并喷以轻质锭子油或真空泵。