生物安全柜为操作原代培养物、菌毒株以及诊断性标本等具有感染性的实验材料时，用来保护操作者本人、实验室环境以及实验材料，使其避免暴露于上述操作过程中可能产生的感染性气溶胶和溅出物而设计。

当操作液体或半流体，如摇动、倾注、搅拌，或将液体滴加到固体表面上或另一种液体中时，均有可能产生气溶胶。在对琼脂板划线接种、用吸管接种细胞培养瓶、采用多道加样器将感染性试剂的混悬液转移到微量培养板中、对感染性物质进行匀浆及涡旋振荡、对感染性液体进行离心以及进行动物操作时，这些实验室操作都可能产生感染性气溶胶。由于肉眼无法看到直径小于5μm的气溶胶以及直径为5-100μm的微小液滴，因此实验室工作人员通常意识不到有这样大小的颗粒在生成，并可能吸入或交叉污染工作台面的其他材料。正确使用生物安全柜可以有效减少由于气溶胶暴露所造成的实验室感染以及培养物交叉污染。生物安全柜同时也能保护环境。

多年以来，生物安全柜基本设计已历经多次改进。主要的变化是在排风系统增加了HEPA过滤器。对于直径0.3μm的颗粒，HEPA过滤器可以截留99.97%，而对于更大或更小的颗粒则可以截留99.99%。HEPA过滤器的这种特性使得它能够有效地截留所有已知传染因子，并确保从安全柜中排出的是*不含微生物的空气。

生物安全柜在应用细胞和组织培养物来进行病毒繁殖或其他培养时，未经灭菌的房间空气通过工作台面是不符合要求的。生物安全柜在设计上不但能提供个体防护，而且能保护工作台面的物品不受房间空气的污染。生物安全柜有四种不同的类型（分别为A1、A2、B1和B2型），它们不同于级生物安全柜之处为，只让经HEPA过滤的（无菌的）空气流过工作台面。生物安全柜可用于操作危险度2级和3级的感染性物质。在使用正压防护服的条件下，生物安全柜也可用于操作危险度4级的感染性物质。