液相色谱仪由高压液体泵分离系统、检测器及液相色谱柱（含柱温控制系统）等三部分组成。其中液相色谱柱是液相色谱工作的关键，液相色谱柱的性能直接关系到分离分析的准确性与适用性。
液相色谱柱的分类方法很多，可按键合相类型、用途（分析型与制备型）、基质种类等进行分类。

例如：
A:物理因素
1.硅胶纯度 ----- 填料硅胶的纯度与残留金属离子浓度
2.色谱柱尺寸---填料床的长度和内径
3.颗粒形状------球型或不规则型
4. 粒径-----------平均颗粒直径，通常3-10μm
5.表面积---------颗粒外表面和内孔表面的总和，以m2/gram表示
6.孔径------------颗粒的孔或腔的平均尺寸，范围80-300Å;
B：化学性质
1.键合类型----- 单体键合 - 键合相分子与基体单点相连
2.碳覆盖率------与基体物质相连的键合相的量
3.封端------------键合步骤之后， 用短链将的硅羟基键合后封闭起来

影响因素
1 、硅胶基质柱（4大类）
目前，分析型液相色谱柱多为硅胶基质柱，细分为：
高纯硅胶柱：以硅烷化硅胶（Silica）为填料，应用范围较广，但只能在PH2.0-7.5，小于60度的条件下使用。又由于强极性硅羟基（Si-OH)的次级保留效应较强，所以应用受到局限，已被键合相柱所取代。
反相硅胶柱：是以硅烷化硅胶为基质，表面键合弱极性官能团的固定相。目前多用C18（ODS）、C8（MOS）、C6H5（phenyl，苯基）等。用于分离大多数有机化合物，应用范围比较宽。
正相硅胶柱：是以硅烷化硅胶为基质，表面键合极性官能团的固定相。目前较多的为：NH2—（氨基）、CN—（氰基）、DIOL（二羟基，也常做HILIC单独分类列出，多用于分离有机酸、蛋白质等）。多用于分离光学异构体和反相柱子不能分离的极性比较大的物质。
离子交换柱：是以硅烷化硅胶为基质，以磺化交联键合强阳/阴离子基团（磺酸盐/季铵碱）的固定相，又分为强酸性、强碱性、弱酸性、弱碱性等不同规格。用于分离解离性较强的有机盐类化合物。（注意：不要同离子色谱混淆，离子色谱主要是分离无机盐类化合物或某些带点离子。）
 
2、聚合物基质柱
聚合物基质柱是指采用聚苯乙烯—二乙烯基苯、聚甲基丙烯酸脂、多孔性微球蛋白等聚合物凝胶作为主要填料的一类色谱柱。其相对于硅胶柱具有强的疏水性及宽泛的pH范围（1.0～14.0），但柱效较低，目前主要应用于凝胶渗透色谱（GPC）、凝胶过滤色谱（GFC）及分子排阻色谱（MEC）。主要用于分离蛋白质类等大分子化合物。
 
3、其他无机物填料柱
这类色谱柱只于特用途，主要有石墨化碳、氧化铝（Al2O3）、氧化锆（ZrO2）等填料。不需要进行表面改性，其自身表面对多类化合物有强保留。可在任意pH（氧化铝除外，不能大于12.0）及高温度（可达100℃）下使用。其中，石墨化碳填料柱能分离多种化合物，主要用于分离几何异构体；氧化铝柱刚，柱床稳定，可分离多种化合物且多用于制备色谱；氧化锆柱较氧化铝柱有强的pH适用范围及能耐受高的温度，但其应用尚待进一步研究。

在选择色谱柱之前，先多了解自己的样品和杂质，他们的类型结构、极性、酸碱性、分子量大小等等。
1.样品是极性的且弱酸性的；就可以选择C18在100酸性水溶液条件下检测，即要选择承受100纯水且对极性化合物保留好的色谱柱
2. 如果样品极性太强，或酸性太强；可以选择CN，NH2，或硅胶柱，HILIC（亲水色谱），也有使用C18+强阴离子对试剂或强阴离子交换色谱柱（缺点是离子对试剂平衡时间长，对流动相pH要求比较精密，否 则很难重复实验，另外离子对试剂很难洗下来，基本上用了离子对的色谱柱就不用于其它实验）
3. 若样品是碱性的；可选择高纯硅胶柱（高纯硅胶缺少金属杂质，且硅胶端基封尾）或一些经过修饰的C18柱（如极性嵌入技术或碱去活技术等），他们都会减少碱性化合物的拖尾，一般会选择中性或偏碱的条件下做，因为这样可增加碱性样品的保留
4.如果碱性化合物的极性太强，或碱性太强；可以选择宽pH的C18色谱柱在高pH值检测（优点是方法开发简单，缺点是目前实现这一技术的色谱柱品牌比较少，价格也高）或者选用HILIC色谱柱（硅胶柱在反相条件下使用，这也是很经典的检测碱性样品的方法）选择强离子交换柱（缺点 是不能用来分析其它样品，对流动相pH要求比较精密，否则很难重复实验）也有使用C18+强阴离子对试剂或强阴离子交换色谱柱