干细胞实验室设计要满足组织工程化、组织制备，临床应用生物安全性，技术稳定性、质量可控性；还有组织工程化组织特定的工艺流程、技术特点，干细胞实验室还要满足无菌操作要求，避免污染。也会根据组织工程化组织特定的生产工艺流程和技术热点。干细胞实验室区域划分为洁净区、非洁净区。洁净区包含处理室、分离室、培养室、组织构建室、质量控制室、消毒室、处理室等；非洁净区包括组织学检测室、分子生物学检测室、 监控中心、档案室、资料室、储存室等。

干细胞制备实验室总平面布局应符合GB19489、GB50333、GB50346、GB50457的要求应有利于环保净化、避免交叉污染等要求。建筑平面和间布局应具有适当的灵活性。主体结构的耐久性应与室内装备、装修水平相协调。清洁物与污物的放置应严格分隔。洁净区内物品传递距离应尽可能短捷，清洁物与污物传递通道严格分开。