集菌仪是集菌培育器的配套运用仪器，经过集菌仪的定向活动加压作用，被过滤并在滤器内进行培育，以查验是否含菌。检测进程：经过进样管道连续被注入集菌培育器中，使用集菌培育器内构成的下压，经过0.45微米孔径的滤膜过滤，中可能存在的微生物被截留搜集在滤膜上，经过冲刷滤膜除掉的抑菌成分。然后把所需培育基经过进样管道直接注入集菌培育器中，放置规则的温度培育，调查是否有长菌现象。广泛适用于打针用无菌制剂的无菌检测，包括抗生素类及含有抑菌成份的药品、大输液、水针剂、灭菌医疗器具、无菌打针用水等，也可用于食物、饮料职业等微生物限度查看。
微生物限度检验的集菌仪（反复使用培养器）SOP纯化水、注射用水、上清液、口服液等的薄膜过滤方法
1.取滤膜（直径50mm）N张，浸泡在纯化水里约5分钟
2.用镊子取出滤膜，平贴在不锈钢网片上，将不锈钢网片放入不锈钢底
座里，放入垫片和O型圈，将螺盖和杯体盖紧组装成一套完整的全封闭过滤培养器。
3.灭菌，用牛皮纸将组装好的培养器包好，放入高压湿热灭菌锅里进行灭菌（按照2005年中国药典）的规定进行灭菌。
4.取灭菌好的培养器至微生物限度检定室，进行集菌过滤。
5.打开配置好的固体培养基，将集菌好的滤膜平贴在培养基上（滤膜上不可以有气泡产生）。
6.按照中国药典的规定进行培养。
注意：
1.液层高度的控制方法：取下滤器顶部胶帽，向滤器内泵入冲洗液，冲洗液至适宜高度时，套上胶帽
2.冲洗时，若出现滤膜上无液层覆盖现象，说明滤器内气压过高，取下胶帽放气，然后套上。
3.应保持双芯针头空气过滤器内滤膜的干燥，可确保气流畅通。
4.根据样品性状，控制集菌仪适宜转速，以进液管不出现气泡为宜。若进液管出现气泡，降低转速即可避免，否则应检查针头是否被堵塞。
5.为便于操作，推荐选用带胶塞的500ml玻璃瓶作稀释容器