微生物样品的原始状态可能是块状、糊状、粉末状等等，都须将其制成细化的液体状样品，才能有利于微生物的分析和接种。拍打式无菌均质器工作原理是：将原始样本（大的需要剪成约10×10mm块状），与某种液体或溶剂放入均质袋，经本仪器拍打式无菌均质器的锤击板反复在样品均质袋上锤击，产生压力、引起振荡、加速混合、从而达到溶液中微生物成分处于均匀分布状态。拍打式无菌均质器适用于脑、肾、肝、脾等组织及微生物的均质处理，广泛应用于食品、、分子学、毒素及细菌检测等领域。
存放原始样品物质和溶剂的均质袋，由特殊材料制成，已无菌处理（已开封的均质袋用户应再次消毒灭菌以确保无菌），通过均质器门上沿部位的横杆进行装夹密封，可避免在锤击板锤击时溶液的溢出，均质器的拍击板不停地在均质袋上锤击，产生的压力可将袋中的样品击碎混匀。均质速度可编程设定，每段可设3~12次/秒，均质时间每一段可设定为1秒~100分钟或连续运行，用户可根据样品和溶剂情况进行合理的选择，以达到Z佳的均质效果。例如：小鼠、大鼠的肝脏定时设3分钟，中速6~10次/秒即可。