蛋白纯化要利用不同蛋白间内在的相似性与差异，利用各种蛋白间的相似性来除去非蛋白物质的污染，而利用各蛋白质的差异将目的蛋白从其他蛋白中纯化出来。每种蛋白间的大小、形状、电荷、疏水性、溶解度和生物学活性都会有差异，利用这些差异可将蛋白从混合物如大肠杆菌裂解物中提取出来得到重组蛋白。
 

　　凝胶层析蛋白纯化系统采用高度灵活配置的模块化设计，具有许多优点来进行快速、灵活、稳定的纯化。硬件的所有阀门、检测器和层析柱均面向操作者安装，方便科研人员清楚、直观地了解各个模块之间的关系和样品以及缓冲液的流路。将样品环上样改进为直接上样，入口可实现系统和层析柱的自动清洗。科研人员从一个纯化任务转向另一个纯化任务仅仅需要几分钟，在保持准确性和确保重复性的同时，大大地节省制备时间。

　　凝胶层析蛋白纯化系统的样品制备：

　　1.样品必须澄清，没有颗粒状物，否则容易堵塞层析柱。

　　2.样品缓冲液：样品缓冲液的pH、离子强度和组成不会显着性影响结果的分辨率，只要这些参数不影响被分离蛋白质的大小和稳定性，也不超出填料的稳定范围。

　　3.样品浓度：凝胶过滤分离效果与样品量无关，因此与样品浓度也没有关系。通常蛋白浓度不要超过60mg/mL。样品的溶解性和粘度会限制样品浓度，关键在于样品相对于流动相的粘度，太高的样品粘度会引起分离的不稳定性和不规则的流动形式，会导致非常宽和成串的峰形，反压也会增加，因此对于粘度大的样品需要进行稀释。

　　样品体积：在凝胶过滤中，这是重要的参数之一。一般推荐上样的体积在1-30%之间，可以做梯度实验，确定较佳的上样体积。