超短基线定位系统工作原理就是在水下被定位的目标上，安装声信标，水上的船体安装超短基线基阵，声信标发出声信号，超短基线系统接收到信号后测算出目标的方位及距离。基阵作为一个整体单元，可以使其处在流噪声和结构噪声均较弱的某个有利位置。此外，它也无需布放浮标和应答器阵。但是通过精细设计，超短基线系统的定位精度有望能够接近长基线系统的定位精度。

超短基线定位系统使用测量水体的声速，即系统可自适应调节声速，不需要其它设备或用户设置，减少操作失误的风险；采用了8通道出厂已校准的水听器阵列，因此，它可以提供角度和距离的测量精度；工作时不需要外部的保护单元、接线盒、PC等，所有的数据处理均在设备内部完成，系统仅需要一根网线输用于出数据，并以网页方式显示、或配置参数。

超短基线定位系统内置集成了高度耦合的INS（惯性导航系统），INS融合了声学定位和多普勒速度数据，并且惯导传感器、深度传感器在出厂前已校正，当独立工作应用于声学定位系统时，可优化定位精度，具有输出相对较低的噪声、高更新率的定位、速度数据的特点，便于用户控制操作。