搅拌式多肽合成仪以固相合成为反应原理，即在密闭防爆玻璃反应器中，按照已知的氨基酸序列(一般为C端羧基末端至N端氨基末端)不断添加、反应、合成，最终得到多肽载体。固相合成法大大减少了每一步产品精制的难度。为了防止副反应，参与反应的氨基酸侧链都受到保护，羧基末端是游离的，在反应之前必须活化。固相合成方法有Fmoc和tBoc两种。
 

　　操作流程
 

　　搅拌式多肽合成仪的操作流程通常包括以下几个步骤：
 

　　准备工作：清洗反应器、配制所需的溶液和试剂等。
 

　　装载树脂：将固相树脂装载到反应器中，并进行必要的预处理。
 

　　添加氨基酸和试剂：按照预定的氨基酸序列和反应条件，通过自动化控制系统向反应器中添加氨基酸和试剂。
 

　　搅拌和反应：启动搅拌系统，使反应物在反应器内充分混合并进行反应。反应过程中，可以通过控制系统实时监测反应条件和调整参数。
 

　　收集和纯化：反应完成后，通过适当的收集装置收集多肽产品，并进行必要的纯化处理。