酶标仪和普通的光电比色计有以下几点差异：

（1）盛装待测比色液的容器不再使用比色皿，而是使用塑料微孔板、微孔板常用透明的聚乙烯材料制成，对抗原抗体有较强的吸附作用，故用它作为固相载体。

（2）由于盛样本的塑料微孔板是多排多孔的，光线只能垂直穿过，因此酶标仪的光束都是垂直通过待测溶液和微孔板的，光束既可是从上到下，也可以是从下到上穿过比色液。

（3）酶标仪通常不仅用A，有时也使用光密度OD来表示吸光度、酶标仪可分为单通道和多通道2种类型，单通道又有自动和手动2种之分、自动型的仪器有X,Y方向的机械驱动机构，可将微孔板L的小孔一个个依次送入光束下面测试，手动型则靠手工移动微孔板来进行测量。