在使用短程分子蒸馏装置时采用其高真空以及低蒸馏温度，设备可以短停留时间，整个设备蒸发效率高，可以连续蒸馏；于高分子量高沸点以及热敏性以及易氧化的物料进行分离。它可以去除其液体中的低分子物质，比如其臭味以及溶剂，设备有选择的蒸出目的产物，去除其他杂质。能够实现传统分离方法没有办法进行实现的物理过程，因此在这些高价植物料的分离上被用作脱臭、脱色及提纯的手段。