菌藻的尺寸为0.5-2微米，有的可达10微米，如果不能将其可靠地滤除或杀灭，一旦进入膜处理元件，活体将繁殖孳生，死亡后的遗骸及分解产物仍将造成污塞。

　　对于膜处理的入口水进行微滤，使滤孔为0.1微米可以阻滤菌藻；使用杀菌灭藻剂可以杀灭菌藻，但应控制剂量以免损伤膜体。交替使用氧化性杀生剂及还原性杀生剂，可以防止菌藻出现抗药性。

　　由于环境污染，一些湖泊富营养化程度不断加剧，导致水中藻类的快速增长。大量藻类的存在，直接影响了自来水的生产和供应。为了了解藻类对水厂各工艺环节的影响，以湖泊水为水源的许多水厂都相继开展了藻类计数检测项目。国内普遍采用的方法是将1L水样加鲁戈试剂固定在一个容器中，自然沉降24h后，利用虹吸的方法吸去上清液，并浓缩定容到30-50mL，然后取1mL放入血球计数板，在正置式显微镜下进行镜检计数。此方法由于所需的水样较多（1L），在需要采集多个水样时，采集和运送的工作量大;在沉样时还要多次冲洗转移，增加了产生误差的机会，而且操作不便。

　　采用藻类计数方法的特点是使用倒置式显微镜，藻样通过沉样板一步沉降到位，与国内普遍采用的方法相比具有准确快捷，水样用量少，运送方便，无须多次冲洗转移，操作简单等优点，适用于生产和科研检测。