我国的制药工业分为化学药品原料药制造、化学药品制剂制造、中药饮片加工、中成药生产、兽用药品制造、生物药品制造和卫生材料及医药用品制造几个子行业。在这些子行业中，污染负荷量大的是化学药品原料药生产，约占全行业的80%。

　　化学原料药生产一般都是投入产出比大，产品产出率低，污染物产生量较大；产生的污染物的种类、特性与数量，与生产品种所需原辅料、工艺过程、工艺条件、产出物及管理水平的直接相关。其特点是污染物种类多、单类数量少、具有生物毒性、浓度高、排放基本无规律、不连续不均衡、难进行生化处理。高浓度废水治理一直是困扰化学原料药生产发展的难题。

　　化学原料药的废水来源包括车间工艺用水、设备管线清场清洗废水、药物提取或精制工序固液分离产生的废水、车间员工清洁用水及厂区生活废水等。同时，废水来源还包括锅炉排污水、外排的冷却水等。在企业的废水中，废水中则溶入了生产过程中使用的全部物料成分，其中包括药物中间体、未知物和目标物（残留的产品）；还包括废水在混合有氧与缺氧条件下的新产物。

　　目前国内大部分城镇污水处理厂对制药工业废水的纳水要求为COD≤300mg/L，即使这样，仍有部分化学合成类、发酵类制药企业达不到要求，化学合成类比例高达46%，发酵类为16%。

　　化学原料药生产废水处理难度大的另一个原因就是企业根据市场需求经常调整产品与产量，新生产状况产生的污染负荷与原处理设施的生物系统、运行参数发生冲突，往往会造成一段时间的不达标的问题。因此，不同产品、不同工艺、不同生产装备、不同管理水平产污量大不相同，不同的企业不能用类同的治理技术与工艺治理。