藻类微生物的繁殖主要有三种方式，即营养繁殖（透过细胞分裂或断裂）、无性繁殖（透过释出游动孢子或其他孢子）或有性繁殖。其中有性繁殖这种方式采用较少，一般发生在艰难时期（生长季节结束时或处于不利的环境条件下）。

　　营养体生殖方法很多，有特殊的营养枝如黑顶藻的繁殖枝，掉地后则独立生长为新的个体；有依靠假根的繁殖方式，如海扇藻；也有依靠盘状幼体以度夏或度冬。无性生殖主要依靠游孢子，这些一般具有1-4根鞭毛，叶绿体和眼点，没有细胞壁，有自由游动的能力；缺少鞭毛因而没有游动能力的孢子也不少，如蓝藻门的内孢子，红藻门的四分孢子，绿藻门的厚壁孢子等。

　　有性生殖依靠配子，可以同配或异配。同配由形状大小一样的配子相互接近，融合形成厚壁的合子，而异配则由大小不同，甚至形状不一样的配子融合形成合子。卵配是一种异配，其雌性细胞较大，一般不能游动，而其雄性细胞较小，有两根鞭毛，能自由游动。红藻的卵配尤其特殊，卵囊称果胞，为一瓶状构造，卵在瓶底，瓶颈即受精丝，而精子在精子囊内，不能游动，随水漂流，遇于受精丝则粘着上，精子破囊而出，顺着受精丝进入果胞与卵子结合成为合子，后者立即发育成为一个双倍体的果孢子体，寄生在雌性个体上。果孢子体成熟产生果孢子，发育则成为独立的孢子体。